1、请勿与消毒杀菌药剂同时使用 　　

为了避免净水中细菌被杀灭，切勿与消毒杀菌药剂同时使用，如果必须使杀菌药剂或治疗鱼病的药剂，需等药物使用至少一星期之后再进行使用净水细菌。
　
2、注意调整适合细菌生长的温度 　
　
在净水细菌的使用中，能有效的控制在最适宜水温条件下，当然其发挥的效果也是最为理想的。例如：光合细菌在22-29℃范围内均能正常生长繁殖，当水温低于22℃时，它们的生长逐渐会停滞，因此低于22℃的水族箱使用这类细菌效果较差。
　　
3、注意调整适合细菌生长的ph值 　　

在净水细菌的使用中，必须注意水质的酸碱度ph变化。例如：淡水硝化菌在ph值等于中性时的效果最佳，酸性水质中效果最差，因此，若能将水族箱中的水质调整至中性或弱碱性，净水效果会好一些。而光合细菌在ph值8.0-8.6的水质中最具效果，所以，它比较适合用于海水水族箱中的使用。

4、,注意细菌之间的共容性
　　
若要同时放养不同的净水细菌，应该注意细菌之间的共容性。例如：硝化细菌和光合细菌并不适合同时放养在同一水族箱中，因为它们净化水质的过程互有抑制，可能会降低其净化的效果。 　
　
5、为细菌提供足够的可居住空间 　
　
如果只让细菌生活在水族箱中可能无法满足其繁衍上的需要，这会严重限止细菌数量使其无法增加。因此，我们应配合生化过滤系统为细菌细菌再创造更多可居住空间供它们繁衍，以期待它们加速降低有害物质，以及加强它们分解能力。