由于太阳能热水器的水箱是经过储水箱的储存，经热能转换后成为热水又供给用户，所以热水器的内外质量是影响使用卫生的关键。太阳能热水器水箱有采用铝、铝合金、不锈钢、石英玻璃等材料制成，不锈钢优于其他铝材、角铁、彩钢等材料，储水质量和保温性能较好，不易出现水垢、锈迹。而据专家介绍，太阳能热水器水箱属于二次储水，即将自来水储蓄一段时间后才使用。
    如果太阳能热水器储水箱的密封不严，铝制或铁制的水箱内易生锈、生藻，使其含有水溶性的有毒成分，甚至具有致癌性的成分溶入水中，就造成了对水质的污染。