无论是物种多样性还是遗传多样性，都是寓于生态系统多样性之中。我国地大物博，生态系统多样，仅湖泊生态系统就可划分为5个不同的湖区类型，生物区系结构复杂，不同自然地理区的不同生态系统为人类提供了各种各样的自然资源。许多名贵水产品或为一个种，或为一个地方物种，生活在一个特定的生态系统中。一些特殊的生态系统的破坏必然会造成一些特有物种的绝灭。譬如云南石屏县境内的异龙湖，面积约92平方公里，历史上盛产鲤鱼、白鱼。1952年开设始河发电，1971年放水造田，1981年出现全湖持续干涸20天，此后虽恢复蓄水，但该湖的特有种异龙鲤却从此绝灭。又如云南饵海栖息的20余种鱼类中，就有名贵特有鱼类10种和亚种。近30年来，由于水位下降，产卵场遭受破坏，加之过度捕捞和不合理放养等原因，这10个种或亚种无一幸免，都处于濒危状态，洱海作为一个特殊的淡水湖泊生态系统也即将消失。
不合理的引种是破坏生态系统多样性和造成地方特有种濒危的重要原因。在一个经过长期进化而达到相对平衡的生态系统中，一个物种的缺失，或一个物种的加入都可能造成系统结构与功能的改变。生活在新疆北部额尔齐斯河的河鲈是一种有重要经济价值的肉食性鱼类，当它被引入新疆南部的博斯腾湖后，避开了其它 凶猛性鱼类对其种群的控制，大量繁殖并吞食其它鱼类，导致博斯腾湖特有的名贵鱼类扁吻鱼（新疆大头鱼）和原来生活在湖中的其它鱼类的绝迹，而河鲈自身由于群体数量过大，食物严重不足，致使个体变小，失去原有的经济价值。又如地处云南和四川交界的泸沽湖，原有3种特有裂腹鱼，由于有人误将体长不超过10厘米的麦穗鱼当成草鱼引入该湖，这种小鱼在湖中形成优势种群，大量吞食裂腹鱼的鱼卵，使这3种同域分化、缺乏竞争力的特有经济鱼类濒于绝灭，类似情况在我国许多湖泊造成严重恶果。
上述这些现象大都发生在生物区系结构简单、生物多样性指数低的水体。这说明一个生态系统多样性越低，稳定性性也就越差，但也有例外，譬如在青藏高原的许多湖泊中，经常只生存着1种植物和数种鱼类，而引进的入侵物种对高原的高寒气候和强烈辐射缺乏适应能力而无法与之竞争。还有一类湖泊，如甘肃、内蒙古一带的盐碱化"贫瘠"湖泊，大部分外来种无法在其中生存。
