当水族箱中发现亚硝酸盐时，可以确定细菌的生态系统或细菌的氧化链已被破坏了。如果这个系统是在无生物状态下建立的，例如：利用活岩石，那么在开始启动阶段就有产生亚硝酸盐的危险。这时必须加入旧有的海水或放入活的自然岩石，如果可能，让海藻丛生。 通常硝酸盐对珊瑚礁类并无害，除非超过200mg/l的限制。但是过量的情形是可能发生的，尤其是在只有鱼类的海水水族箱中。因为它会助长无法控制的藻类生长，而唯一能够做的就是经常换水才能将水族箱中的硝酸盐去除。此外，也可由厌氧性细菌的分解来完成，然而这个作用必须配合强力的好氧性分解来达成平衡。这就需要配置一个运转良好的滴流式过滤器：厌氧性区域会在过滤室中形成，水流经过这里的速度非常缓慢，在这里，硝酸盐的分解会相当的明显。有趣的是，大量硝酸盐会被水族箱中的活珊瑚和众多无脊椎动物给分解，甚至活珊瑚需要硝酸盐来作为它们新陈代谢的能源。因此为了侦测过滤器的效率、水族箱的负荷及无脊椎动物的代谢能力，必须定时地测量硝酸盐的含量。