天然海水的pH值大约是8.2-8.4，因此我们的目标就是要使水族箱中的pH值维持在8.2-8.4之间。 在海水水族箱中真正使pH值稳定的是碳酸盐硬度以及碳酸钙。一般来说，如果碳酸盐硬度低于4oDh，则pH值就会小于8。若是碳酸盐硬度介于7-9odH之间，则pH值应该会在8.2到8.4之间。事实上，实际的情况并非如此，如果刻意将碳酸盐硬度提高到9oDh，来希望得到更高pH值，将是没有用的；如果试着用珊瑚沙和碎贝壳来提高pH值，也是徒劳无功。 为什么水族箱中的pH值总是如此之低，始终在7.9和8.4之间波动。在水族箱开始运转的前三个月中，细菌负担了大量的工作，它们所产生的最终产物是二氧化碳。此外，许多的有机物和酸类都在第一次换水之后才会释放出来。且在此时间中，很多海藻正在生长的同时，也有很多藻类正在死亡。总之，在水族箱的整个生物环境建立完成之前，有很多变化都在进行，而从那时（可能在1星期内发生）开始，pH值会上升到某一点。在这段时期内，特别要注意不可让碳酸盐硬度失去控制，也就是不能低于7odH。 在所有物质中，二氧化碳与最初阶段pH值始终在标准之下的现象有关系。所以可能的解决方式之一是强力打气，也可使用蛋白质分离器，这种方法可将有机物从水中除去。但是高度机械化过程对水族箱的生态也有负面影响，因为强力打气或使用蛋白质分离器，也可能从水族箱中除去太多的东西，如：二氧化碳和微量元素，当然还有维生素和其他细菌进行生物分解时所需要的物质。 强力打气的结果如下： 二氧化碳被排出。 由于缺少二氧化碳，无脊椎动物身上的共生单细胞虫黄藻和藻类都会设法从碳酸钙中获得二氧化碳，即脱钙作用。 如果碳酸盐硬度下降，甚至到某一点时，水族箱中呈现酸性的现象，则pH值会落到标准范围以外，大约是在6.0左右，而这种情形可能对水族箱中的生物带来严重的后果。 定居在滴流式过滤器或表面过滤器中的好氧性细菌活动也对pH值有很大的影响。在细菌分解的过程中会产生大量的二氧化碳，此对许多无脊椎动物身上的共生单细胞虫黄藻和藻类都是有益的。只要水族箱中仍然持续着复杂的发展（至少三个月），则必然会有少量过度的二氧化碳产生，因此也会无可避免地使得pH值降低。