任何水族箱都不能缺少藻类。当在水族箱中放置活岩石时，就会自然地得到很多有益的海藻。当水族箱运转4至6星期之后，第一株海藻就会害羞地从岩石中冒出来，它们的种类之多堪称第一，但是到目前为止被命名的却不多。呈现出的颜色有：蓝、紫、红及绿等颜色，而这些各以变化多端的形式生长着。 在不知名的蕨藻中，以海带藻的生长较慢也较困难。这些蕨藻也可饲养于中光带。它们在阴暗处的生长较缓慢，但因其超强的繁殖能力，它们爬行嫩枝的卷须会很快地就蔓延到有光线的地带，而蕨藻唯一的敌人就是-海胆。 法囊藻科的球形海藻，会很自然地从活岩石中长出。它们对于无脊椎动物一点也不妨碍而且看起来很有趣。此外，还有属于钙扇藻科的扇形海藻，它们在很多的水族箱中都能繁殖得很好。不过，与其他海藻所不同的是，钙扇藻科需要将根伸到很深的沙里面以稳固它的根，而沙必须呈现灰色的厌氧区。它会很快地就长出白色嫩枝并在短时间内转变为绿色。钙扇藻科需要大量的光照，否则它无法合成石灰质，它是从溶解的重碳酸钙中制造石灰质，并将它转化为碳酸钙-活珊瑚的真正主要成分。