针对氮素的来源，消化，吸收及排放来看，主要来源为饲料中的蛋白质，经过鱼类的肠胃消化酵素分解成各种氨基酸小分子后由肠道吸收，来不及分解的及无法吸收的集结成粪便就由肠道末端排泄孔排出，已经由肠道吸收的籍由肠道周边的微血管输送至全身细胞，氨基酸有的被用在合成鱼体细胞，有的则是被细胞当成代谢能量消耗后变成含氮废物如氨或铵等，再籍由血液带至肾或鳃排出。
在鱼类生理很重要的一点就是透过鳃来排泄含氮废物，以扩散作用的方式来排放。扩散作用就是某种成分由高浓度往低浓度分布，举一个生活当中的例子----放屁，放屁的人会感觉到由很臭到不臭，即是臭屁的分子由高浓度渐渐想低浓度散去。回到主题：正常良好的水质环境，水中的含氮废物浓度低于鱼体内的浓度，所以鱼体内的含氮废物可籍由鳃部的扩散作用排到水中。假设含氮废物在水中无法分解或被吸收利用，则含氮废物的浓度会一直累积增加，当浓度高于鱼体内的浓度时，含氮废物便经由鳃部由水中扩散至鱼体内。当鱼体内的含氮废物高至某种浓度时便会对细胞造成毒性，于是这时候鱼类为了要生存，鳃部细胞就需要消耗大量的能量叫做细胞的主动运输，将扩散进来的含氮废物送出鱼体，如此这般又造成了两个问题：第一，喂饲料所产生的能量原本希望鱼只用来成长，但因为水质的不好，鱼只好将能量用来抵抗含氮废物由外而内的扩散而不会拿来成长了。第二，当含氮废物达到一个浓度后，鱼只不会再进食，表示不再有能量供给给鱼只，鱼只能靠以往储存在鱼体内的能量来抵抗外来的含氮废物，最后当能量用完时，外界的含氮废物便一举入侵，破坏鱼体细胞，刚开始小部分的细胞中毒，只造成鱼的泳姿怪怪的，时快时慢，当大部分细胞中毒后，便躺在一旁偶尔抽筋，最后一命呜呼。值得一提的是当水质不好，鱼只不再进食时，如果主人不查还拼命丢饲料，而饲料的能量非但无法提供给鱼类，反而供给水中的细菌充分的成长能量，不论好的坏的细菌都大量繁殖，细菌大量繁殖的结果造成水中氧气的缺乏及坏的细菌感染鱼只，造成鱼只缺氧又生病，加速鱼的死亡。
