水草的有性繁殖是通过开花、传粉、授精和结实〔形成种子〕白勺过程来完成水草的后代繁衍。水草也有雌雄之分，同一植株上既有雌性花又有雄性花，称为雌雄同株；雄性花与雌性花不在同一植株上的称为雌雄异株，它们的花为单性花。

有性繁殖的花粉传授方式主要的途径有昆虫传粉和水流传粉，有些水草将花开在水面上，昆虫在采集花粉时无意间为水草传递花粉；水流传粉是水草将花开在水面或水中，由水的流动使花受粉。另外，还有一些水草在水位高时，可以用闭锁的方法传授花粉。它们将花开在花苞中，直接在花苞中结果，这在双子叶水草中最为普遍。除了传花授粉外，在水草的群体中，有些水草是两性花，有些水草是单性花。大多数水草都由异花受粉，所以它们需要有传粉的媒介。由于水草的种类不同，受粉的方式也有很大的区别，如苦草、赤藻、金鱼藻等水草是以水为传粉媒介，故叫水媒花。再如苦草属雌雄异株，它的雌花成熟时，花序柄很快地伸长，将花挺出水面，让花在水面上开放，而雄花成熟后冲破雄性佛焰苞，脱离花序，浮到水面，随着水的游动，使它有机会靠近雌花，促使花粉有可能雌花的柱头上，使之受粉。受粉后的雌花，因花序的柄呈螺旋状蜷曲，慢慢地将果拉入水中成熟。

黑藻也是雌雄异株的水草，与苦草不同的是雌花只是在临近水面开放，雄花成熟后也冲破佛焰苞脱出，同时将花粉撒入水中，凭借花粉含有淀粉的重量，使花粉容易地下沉而落在柱头上来进行受粉，受粉后发育成果实。

还有一种狐尾藻，它的花极度退化，花伸出水面，成熟后的花粉散布于空气中，随着风和气流在空气中飘动，柱头上的面积渐渐扩张，后发展成羽毛状，使得水面上的花粉有更多的机会碰上柱头，而达到受粉的目的，所以叫风媒花。受粉后的子房发育成果实，而胚腺发育成种子，种子再萌发为新的植株，这就是有性繁殖的全过程。

依靠有性生殖细胞繁衍后代，也是一种生殖方法，但这种繁殖方法在水草中已经很少。

种子萌发

成熟的种子在没有外界干扰的条件下是处于静止状态的，这时种子含水分只有10％。种子在适宜的温度下吸收水分，这时种子所含水分达95％。到种子获得水分后，种子的表皮开始软化，种子中酵素开始活动，对种子中的养分进行分解，变为可溶性营养供胚芽吸收，使胚芽细胞分裂、分化而生长。胚芽的生长变大所产生的压力，使种子的外壳破裂，胚芽与子叶被推出而成为幼苗。

培育水草新品种的常规方法是杂交和嫁接，而在水草中大多是不具备有性繁殖的能力，因此，他们的种子也就很难收集，这就决定了开发水草的新品种用杂交的方式较为困难，嫁接方法更是不可能，但是，可以利用培养基因的方法，运用多种手段来打破水草的遗传因素，改变它原有的特性而产生新的品种。