孵化出来了，离培育出好的锦鲤还是有一定距离的，这个期间要经过数次的人工挑选与选育，一般一窝鱼中真正能合格的也就不过千余尾，正是千里挑一。选育过程一般分为3-4次进行。主要方法如下：
第一次挑选：在仔鱼孵出后的20－30天内，当幼鱼长到3厘米左右开始。主要是选留体质健壮、活力强，品种特征明显的个体，对于其它个体淘汰掉。但因品种不同，第一挑选时间也有差别，一般：昭和三色锦鲤约在孵化后15天左右开始挑选，黄金类锦鲤则从孵化后50天左右开始，红白系列和大正三色系列的锦鲤从孵出后60天左右开始。
第二次挑选：在第一次挑选后20天左右开始。选择标准为鳍形的好坏，色彩鲜艳与否，图案斑纹是否清晰，品种特征是否明显等等。
第三次第四次挑选的时间与准则基本与第二次相同。
