鱼体自身因素的好坏是抵御外来病原菌的重要因素。健康鱼能有效地预防部分鱼病的发生。自身因素与鱼体的生理因素及鱼类免疫能力有关。
(1)生理因素鱼类对外界疾病的反应能力及抵抗能力随年龄、身体健康状况、营养等的改变而有不同。例如车轮虫病是苗种阶段常见的流行病，而随着鱼体年龄的增长，即使有车轮虫寄生，一般也不会引起疾病的发生。鱼鳞、皮肤及黏液是鱼体抵抗寄生虫侵袭的重要屏障。健康的鱼或体表不受损伤的鱼，病原体就无法进入，像打印病、水霉病等就不会发生。
(2)免疫能力 病原微生物进人鱼体后，常被鱼类的吞噬细胞所吞噬，并吸引白细胞到受伤部位，一同吞噬病原微生物，表现出炎症反应。如果吞噬细胞和白细胞的吞噬能力难以阻挡病原微生物的生长繁殖速度时，局部的病变将随之扩大，超过鱼体的承受力而导致鱼死亡。
