水草有各种不同的分类法，最基本的分类法，是根据它们原始的生育形态的差异性。　　

1、沉水性植物：整株植物体都生长在水中的植物，例如，金鱼草
2、浮叶性植物：根生于水底，叶浮在水面上的植物，例如，荷花。
3、挺水性植物：根生于水底，部分茎叶可伸出水面生长的植物，例如，象耳草。
　 4、浮水性植物：不在水底扎根，茎叶浮在水面，而根部下垂于水中的植物，例如，浮水仙。
　 5、中间性植物：无固定的根、茎、叶，可生于水中的植物，例如，莫丝。

　水草另一种分类法，是以植物体的形态简单分成两大类：

1、有茎水草：植物体有明显的茎器官的水草，它们的茎有两种生长形态，最常见者是垂直向上生长，例如绿羽毛、珍珠草等。如果水够深，有些茎可以长得很高，甚至于当植物体长到水面时，亦可形成漂浮性弯曲茎的生长形态；另一种则是横生于底砂表面爬行生长，例如铁皇冠、荷根等

2、无茎水草：凡不属于有茎水草种类的水草，都可以归纳为无茎水草。其实，有许多无茎水草，仍然都具有茎器官，只不过它们的茎特别短小（例如皇冠草、辣椒草），或呈块状（称为块茎，如网草），或呈球状（称为球茎，如竽仔头），而且生长在底砂中，不容易被发现罢了。

　 如果再以水草的色泽来区分，又可将水草分成绿色水草及红色水草两大类。

虽然这种分类法并不严谨，但是却十分通俗。由于某些水草的颜色很容易受到水环境的影响而产生忽绿忽红的生长变化，或同一株水草同时有红、绿两种色泽，在此种状况下，要严格加以区分为绿色水草或红色水草，显然是有困难的。不过习惯上仍以在水族缸中，可以使水草的植物体全部或局部，培养出泛红的品种，均可视为红色水草；若自始至终都维持绿色外观者，称为绿色水草。