过滤系统的建立如前述，要能够使过滤效果，其生物过滤是最重要的，但是在应用生物过滤时，有哪一些是必须注意的呢？首先是在水草缸设立初期，会有较多的问题，水草缸设立初期，水上叶的枯叶，造成水中会有阿摩尼亚及垃圾的产生，水质呈现较脏的状态，加上设立初期在滤材内层，并未生成微生物，仅能靠物理过滤及化学过滤，依赖吸附作用净化水质是有限的，一两周後吸附的能力就会消失，因此在此段期间换水要较频繁(状况不佳者每日约换三分之一)，以人为的水净化来弥补，另外为促成微生物的长成，夜间加以打空气，补给水草缸及过滤槽氧气，待微生物在滤材内层表面生成後，生物过滤的机能才算开始，拥有生物过滤正常机能的水草缸，对於藻类、病原菌有相当的抵抗力，故水草可顺利生长。

    过滤系统的清洗过滤槽经过一段时间，滤材会有一些较细的污物造成阻塞，而使得过滤槽内的通水性变差，水的流量减少，此时，因为无法供应充足的氧气，微生物的活动力降低，过滤的功用也大打折扣。因此定期洗净过滤槽是必要的，发现过滤水流变弱时，便施行清理是较好的，但是在清洗时，要特别注意不可破坏生物系统(避免杀死繁殖良好的微生物)，

    在清洗过滤槽时，将滤材取出後，如使用自来水(其中含有氯等杀菌物)、冰水或热水洗净，会将滤材中有益微生物杀死，因此在清洗时必须使用原缸中之水，轻轻冲洗，去掉滤材间隙的污物，但必须避免洗掉微生物，而破坏了好不容易建立起来的生物过滤系统
通常水草缸的成败，可说在於设缸後一个月，此根据在三强调的生物过滤系统，建立的时间约一个月，此段期间的维护及之後水质的管理，会决定水草生长好坏与否。

    过滤的流量现在市面上有很多种类的过滤器，但过滤效果的好坏，不在於价格的高低，而是在於是否选择了适当的过滤器，有效利用眼睛所未能见的有益微生物，进行水质净化，并维持水草缸的健康生态。
 
    如何选择适当的过滤器呢？

    1.先检视水缸内的养殖状况，来决定水流循环的次数。
    a.纯水草缸，未饲养鱼只----每小时水循环两次。
    b.水草缸中饲养小型鱼只----每小时水循环三次。
    c.水草密植，鱼只密集-------每小时水循环四~五次。
    依实际养鱼的密度（鱼只大小之拉粪量）。
    2.配合水草缸的大小，来决定过滤器的流量。如水草缸中饲养灯科鱼，水缸大小为100公升，则每小时需有300公升的滤水量。
    3.在计算流量时，请注意当过滤器启动过滤一段时间後，会有污物阻塞滤材，减低水的流量，因此除要定期清洗滤材外，在计算流量时，要乘以一点二倍，较为合适。因此以上述之100公升水草缸中，饲养灯科鱼，需要每小时300公升×1.2倍＝每小时360公升的过滤的流量。