水草是植物的一种，它的分类方式完全依据现行所使用的植物分类法则来处理。目前分布在地球上的植物大约有四十万种。它们有的只是单细胞的构造；有的则具备了高度分工的多种器官。为了能将这么庞大的植物界加以辨别和研究，植物学家便依照植物的形态、构造、习性、发生等特性，找出它们彼此之间的亲缘关系而分门别类。

　　早期的学者，随意选择植物某一部分器官的外表特征(例如花瓣的数目、颜色，花蕊的数目，叶的形状等)做为植物分类的根据；这种分类方式叫做人为分类法，但从1859年达尔文的进化论说明了所有植物都是由简单进入复杂，最初都是由同一祖先所产生，而彼此间前着一定的亲缘关系，于是以后的学者便依照植物演化的次序和彼此间的亲缘远近加以分类；这种分类方式叫做“自然分类法”，是现代分类学所遵照的标准。

　　一、植物的自然分类法

　　什么是植物的自然分类法呢？简单地说就按植物自然且客观的规律来归类。例如，科学家们在经过长期的了解之后，才知道植物的种类虽多，但彼此之间总有一些不同程度的相似。有些种相似更多一些，就可以将它们归为一类。有些相似得少些，就应该把它们分若干不同的种类，例如蚕豆、豌豆、大豆相似之点很多，因而将它们同归于一类，即豆类(豆科)，小麦、大麦和豆类区别很大，不能同归于豆类一类，但小麦、大麦和玉米、高粱很相似，于是可以将它们统统归于另外一类，即禾谷类(禾本科)。同一道理，黄瓜、丝瓜、冬瓜又可以归为一类，即瓜类(葫芦科)。但是，更仔细地研究一下这些类后发现：豆类和瓜类毕竟比豆类和禾谷类，或者比瓜类和禾谷类要相似一些，因而把这较相似的两类放在同一较大的类群即双子叶植物中，而禾谷类属于另一较大类群，即单子叶植物。

　　根据相似程度的不同，可以把植物先分成若干大的类群，然后在每一类群中，又根据相似程度的不同，把它分成若干次类，由些类推，可以继续往下分。这样可以分成界、门、纲、目、科、属、种等七级。界是最大的类群，不同界的生物，相似这点最少。种是最小的类群，也是最基本的分类单位。具有许多相同的基本特征的个体，共同成为一个种。

　　下面是现行的植物类目或称分类群一览表，每一分类群再往下细分，每一项类目并不一定都被利用到，但它的秩序却不可调换，中间的亚门经常被用到并在字首加一亚字。由界到科间的类目叫主要分类群，而低于科者则为次要分类群，兹依次列下：

　　界(Kingdom)\门(Division)\纲(Class)\目(Order)\科(Family)\属(Genus,复数为genera)\种(species，简写为sp.复数为spp.)

　　二、水草的分类基础

　　虽然植物界中分了那么多级，不过门、纲、目、科是较大的分类，一般公在了解进化或系统的发育上有其重要性，其中尤以科经常用于分类学上，因为科的范围很小以致可让我们研究科内成员的自然关系。但在水草的分类上常使用科以下较的分类，它们由大至小的顺序是属、种。我们认识水草就是要认识到种。我们平日常说，这“种”水草 或那“种”水草，就是这个意思。不过，千万不要小看这个“种”字。在植物学上“种”是经过科学研究之后所作的结论，比平常口头上随说的什么种要严格得多。

　　“种”永远是分类工作的基本单位，也是林奈植物命名法所根据的基本范畴。林奈和他的学生，将每一个植物给予两个字作为它的名字，前一个字是属名，后一个字是种名，这种命名法叫二名法。譬如依此种二名法，皇冠草的学名是Echinodorus amazonicus，大水兰。