水草生长的发生与控制，组织的变化及代谢作用差别等，均受细胞核中遗传基因的支配，而遗传基因则受制于细胞中许多其他因子的作用。一般认为植物体的所有细胞应俱有相同的遗传基因，但遗传基因如何使细胞及组织发生分化而不紊乱，则仍为生物上未解决的问题之一。

细胞分化作用是形态发生的主要特征，诸如植株及各部器官之大小、外形、颜色、生长能力、抗病性及产量等。然以遗传学的观点而言，一植株的特征乃是某些基因在该环境里所表现的外貌，特征本身并不具有遗传能力，能遗传者仅基因而已。而水草的特征做一日和便是遗传基因在所处环境的影响下表现的结果。

但是水草的基因有时会受环境的影响而无法表现。例如，一生长能力强，形态美丽的水草，如易地而植，令其生长于贫瘠的水中，则生长能力及美丽形态的潜在力亦无从表现。是以一有利的环境实在是促使遗传基因充分表现不可或缺的因素；其中又以温度、日照(或光)、空气、水质及营养等为最。

水草的种类均由其先祖繁衍而来，由于年代不同，环境有异，水草水草为求个体之生存与种族之繁衍，可能逐渐改变其生长形态而产生新种，因之旧种可能不存在，新种可能存在或又产生新种，但是在这种演变的过程中，其历程是相当漫长的，但不管如何，今日水草的品种之所以会有不同，不仅受现代各种环境因子之影响，更受古代各种环境因子之支配。

此外，水草之生长生殖，无不直接或间接受各种环境因子之影响。水草之分布，是积其先祖对无数世代各种环境因子之耐力，及其个体对现代各种环境因子适应力之总表现；水草对某种环境因子耐力强者，便可在某地区生长、生殖而生存，耐力弱者，就不能适应，不能被“记录”下来，并在水草的后代又将它们重新表现出来。

研究基因的科学家曾经指出，植物细胞的发育受制于化学的反应及周围环境的性质，而这些反应则受特殊酵素的支配，一般每一酵素受单一遗传基因的作用所形成，也就是一个遗传基因管一个酵素，而最近的研究认为有更多的遗传基因来支配酵素的产生，而在一个细胞中有无数的遗传基因存在，但并非所有均同时发生作用，有的遗传基因在特殊的细胞中从不发生作用，例如根细胞一般不会发育为叶及茎，然而如果将其作切根处理，则切根可能发育成一株正常植物个体，由此可知根细胞中存在有生叶及茎的遗传基因，在某种状态之下则可发生活动。

由上述的事实，可以推想细胞中的遗传基因在某种状态之下促进其作用或抑制其作用。故一个完全分化的细胞，不仅具遗传的潜在力，而且在植物体内有一定的位置，因其特殊环境的原因，对其遗传基因发生选择的活动。环境的条件很多，包括其他细胞的压力，食物的供给如糖类及蛋白质，植物荷尔蒙的存在，温度的高低，日照的长短，二氧化碳的浓度，有效的氧气，细胞液的PH，许多有机物与无机物的存在与否。故这些环境的变化均可支配细胞中遗传基因，而遗传基因则又支配酵素的活动，酵素则控制化学反应，而化学反应则影响细胞的发育。

然而，在一个细胞中，何以可以形成千种以上的酵素，是一个不易想象的问题，一般人也比较不会去思考这个问题。比较引人注意的是突变种的产生，它是一种水草遗传基因的重组过程中，其遗传基因的分子结构或数目突然在两代之间发生明显的差异。通常公发生于水草的有性生殖或植株受外来的辐射的照射处理所诱发产生的新个体。

如上所述，遗传基因籍酵素而与细胞的分化作用发生密切的关系，并藉以控制水草的生长形态，但突变的结果，使酵素的合成发生巨大的变大，而引起个体生理性状的改变，以致于在品种的认定上会发生，这种因突变的现象所孕育出来的水草，我们称为突变种，在水草世界中的突变种不乏其例，例如伟蒂椒草的突变种至少就有十种以上，其他较熟悉的例子，如豹纹青叶草为青叶草的突变种，另外青叶草至少尚有三个以上的突变种。又如白脉菊草也是菊草的突变种。