生物性疾病的产生通常可以分成两个阶段，先由人、鱼或其他虾蟹软体造成水草的外伤伤口，再由细菌作继发性的感染。因此，在作细菌性疾病预防时，应避免水草运送、栽种时的人为疏失。同时，慎选同居的其他生物。
1、被水中鱼类吃食
有些鱼类在原产地即以水草为生，自然会对水族箱里的水草痛快下手。诸如：大型铅笔鱼、银板、八字娃娃、泰国鲫、皇冠人间等等，皆应避免饲养在水草缸中。
2、被水中鱼类挖掘
有一些鱼类，像是大多数的非洲慈鲷、皇冠泥鳅等，虽然它们不会吃食水草，却有挖掘洞穴的习性，其目的不外乎觅食、建立地盘与繁殖。在这些状况下，受害最深的往往是水草的根部；轻微的可能只是整株水草浮起；严重的可能根被咬断，甚至整株水草被连根拔起，应避免之。
3、被水中螺类吃食
螺类在水草水族箱中是除藻的重要帮手之一，但在某些状况下会吃食水草，造成叶面的伤害并引发二次感染。因此，当水族箱出现这种危机时最好赶快把螺类移除。尽量不要用药品毒杀，以免伤及无辜。
4、细菌性腐烂症
水草叶片不出现萎黄化的现象，迳自变得透明并迅速溶蚀掉是细菌性腐烂症的特证，感染速度极快。大多由新购入的水草开始发病。因为不当的输送过程中所引起温度的异常变化或是pH变化等，都是引发细菌性腐烂症的原因。目前尚无治疗此症的特效药，一旦发病时，可除去溶蚀的部份，并将水温调整为大约20-22°C的低温以防止蔓延。若投入0.3-0.5ppm的硫酸铜进行杀菌或可降低病情之恶化。
5、水羊齿病
造成水羊齿病的细菌似是具有专一性。除了水羊齿以外别的水草并不会受到此类细菌的感染而病发。此病症往往是在持续30°C以上的高温或高pH值等不适水草生长的环境下发生。病证的出现，刚开始是水羊齿的叶部渐渐变成褐色半透明状，最后终至枯萎。除了将受感染的叶片切除，并将水温调低来防止蔓延外，目前尚无其他较有效的治疗方法。
