金鱼虽然具有不同的颜色和体形，但彼此间有一定的血缘关系，它们的共同祖先就是古代的野生鲫鱼。我国生物学家陈桢、李朴等，在遗传波数字滤波器、胚胎学等方面对金鱼进行了大量深入而细致的科学研究，并且考证了大量科学史料，从而得出了金鱼的祖先是野生鲫鱼的结论。其理由是：

其一，任何一种金鱼都可以与野生的鲫鱼进行杂交，杂交的后代有正常系列后代的能力，说明他们之间的亲缘关系及为密切。

其二，金鲫鱼（即红鲫鱼）与鲫鱼体形完全相同，其差异仅仅是在颜色上有红色和银灰色之分，金鲫鱼是由鲫鱼演化成金鱼的最原始的中间过渡类型。

其三，金鱼他鲫鱼胚胎发育时期不仅形态完全相同，而且在同一温度条件下，发育的速度也是相同的。体型的分化在孵出后的幼鱼阶段发生，有的性状的分化，如龙眼、虎头、绒球、水泡等是在孵两三个月之后才出现的。

其四，利用金鱼和鲫鱼血清做血清学沉淀反应，结果是相同的。

其五，对金鱼和鲫鱼的染色体组型进行比较分析，结果表明，金鱼和鲫鱼的染色体不仅数量相同，而且形态也十分相似。遗传学研究证明，染色体是遗传物质的载体，每一个特种的染色体数目都是恒定的，以保持其物种的相对稳定性。

其六，对金鱼和鲫鱼各种同工酶的分析，发现各组织之间的酶谱基本上是相同的。

这样，就从科学上证明了金针与鲫鱼的亲缘关系，即金鱼是由野生鲜鱼变异而来，金鱼的祖先就是野生鲜鱼。

同时，从金鱼中普遍存在的返祖现象也可以证明金鱼是由鲫鱼演变而来的。在实际繁育中，人们发现任何一对纯种金鱼所繁殖的后代幼苗中，都会有或多或少的个体在胚胎发育过程中，未能完成从鲫鱼演变到金鱼的全部变异过程，在部分品种特征上程度不同地出现与野生鲫鱼相同或相似的现象，称为返祖现象。例如，在龙鱼中，有的个体仅一侧眼球突出，而另一侧不突出或突出不明显，有的个体一眼球虽然都突出，从早到晚却长出和鲫鱼相同的单叶尾鳍和臀鳍；在没有背鳍的蛋各金鱼中，有的个人体在背部长出刺状及瘤状的鳞；甚至长出不完整的背鳍；在珍珠针中，有的个体长不出珠鳞；甚至还有个别与野生鲫鱼完全相同的金鱼，这完全是一种返祖现象，它有力地表明了金鱼与野生鲫鱼的关系。