鱼的排泄物堆积会产生有毒的氨,而硝化菌主要是用来分解让水质恶化的氨,经分解后会变成亚硝酸盐及硝酸盐。硝化菌的培养应该是在滤水系统中培养的,而不是在水中培养,在过滤系统中滤材的放法也很重要的,不正确的方法,让事倍而功半。

以上层过滤系统为例,陶瓷环与生化环要放在最底部,其上层再放一层生化棉,这就构成了简单的硝化菌培养温床,再者才是一般所使用的白棉,每次滤材更换时,所更换的是最上层的白棉。而生化棉与陶瓷环、生化球,约半年洗一次,以保水量畅通。但生化棉,陶瓷环与生化球不要一起清洗,而是要清洗完放回水器后再隔数天才能再清洗一项,洗完后以日晒三天杀菌后再放入过滤系统。切记硝化菌的培养温床是不宜常清洗或更换的。

若担心硝化菌不足,则可再购置一外置滤水设备,在其内不要放白棉，仅放生化棉,陶瓷环与生化球,当作专用的硝化菌培养温床换或洗的时候,不要将滤材一次换掉,要小部份小部份的换,而且每换一样,要等三天再换另一样,较为妥当。否则硝化菌不够ph值一下变动太大，是很危险的。

若过久没换水所造成的影响，主要有下例三点：

第一、硝酸盐及氨(阿摩尼亚)浓度易过高,水质易恶化。
第二、电解质也容易偏高。
第三、一旦换水就容易造成反溃(反水)现象,ph值急掉。