为获得奇异而漂亮的孔雀鱼，选种上采用两种方法：一是近亲繁殖（in——breeding），二是品系繁殖（line—breeding）。近亲繁殖是指有密切血统关系的个体之间进行交配，这种方法可以净化和固定遗传形质，以产生一个品系。但此种方法不宜连续采用超过4代，否则会因遗传异而出现生理缺陷，如鱼体变小、繁殖力减退、色泽不美等。品系繁殖是让有血缘相关的鱼相互交配，但血缘关系并不很密切，采用这种方法 可以把一个固定的品系继续不断地繁殖下去。
为维持优良品系，应严防混交、乱交，故雌雄鱼必须分养；在需要的时候，选择适当的亲鱼放入水族箱内进行繁殖，并作好记录——何种雌鱼与何种雄鱼进行杂交，以便日后选取何种性别的鱼与它们的后代进行回交。
