开缸后，一般最好是逐步增加饲养量，因为这时的生物系统尚未稳定，抵抗冲击的能力比较差，处理不好就容易出问题。

比较常见的问题是过滤系统能力不足，或饲养密度和投饵量过大，有机物排放量超过了系统的自净能力，水体开始富营养化。解决的方法，一是加强生物过滤（还可以配合物理吸附等辅助手段），二是降低饲养密度和投饵量，另外，就是通过换水稀释，这是最简单而有效的方法，但过度依赖换水来维持水质，会降低系统的稳定性。

有机物浓度偏高，虽然对大多数鱼没有什么直接影响，但却是一个不可忽视的隐患。水中常见的纤毛虫，在有机物浓度高的情况下容易大量繁殖，这是水族箱中爆发纤毛虫病（如白点病）的重要原因。另外，由于生物耗氧量大，各种好氧微生物和鱼争氧，对鱼的健康不利，鱼的抵抗力下降，也容易得病。有机物浓度高还为各种致病菌和条件致病菌的大量繁殖提供了有利条件，在这种环境中，鱼儿易患水霉病和细菌性肠炎等疾病，有些微生物，如葡萄球菌、链球菌、沙门氏杆菌、痢疾杆菌等，会产生多种外毒素和内毒素，对鱼有直接的危害。此外，富营养化还会造成水体透明度下降，影响水生植物的光合作用，也不利于观赏。

水质的稳定在很大程度上依赖微生态系统的稳定。微生态系统的稳定主要表现在以下几个方面：

（1）能够适应短时间的外部变化的压力，保持自身生存的能力并保持系统集体性状的完整性；

（2）对环境压力具有抵抗性和修补能力。环境压力没有超过一定范围时，系统可以抵抗这种压力保持稳定，如果环境压力超过其可抵抗的范围，由于某些微生物类群的死亡或失去活性，系统的部分功能丧失，此时系统的剩余部分又可与新出现的类群组成一个完整的生态系统，即进行修补；

（3）可根据环境的变化做出适应性调整，如跟随季节变化的周期性调整。

稳定性和微生物的多样化有关，一个稳定的系统，其微生物的种类表现出高度的多样性，不会因为个别种群的变化影响整体结构。当微生物的种类达到某个程度，并形成相对均衡的结构，系统才能获得比较高的稳定性。

开缸后具体需要多长时间系统才能达到稳定很难说，也许一个月，也许几个月，有的水族箱甚至长期处于不稳定状态。影响系统稳定的因素很复杂，比较常见的是生物过滤系统薄弱，负荷能力不足，此外，随便增加鱼只数量或频繁更换品种；饲喂不定时不定量；不及时换水；过度清洗滤材；过滤器时开时停；以及随便在缸内用药等不当的做法，都会妨碍系统的稳定性，甚至造成系统的崩溃。