一、先从水污染与生物自净谈起

　　水污染是指水体中污染物质之含量，已经超过它的自净作用（self-purification）所能负担之能力，而引起水质恶化、水体生态系统遭到破坏，结果对水中生物造成不良影响，或导致水资源失去原来的使用功能之现象。所谓自净，乃水体受到污染后，靠自然能力使它逐渐恢复净化的作用。

　　任何水体（包括水族箱）对污染物质都有一定的承受容量，超过时，即构成污染问题。不过水体本身因有自净作用，可以在其作用范围之内，降低或消除污染物质，使水质得以自然净化。此种自净作用往往需要一定时间和条件，也与污染物质之物理及化学性质有关。

　　水体的自净作用有三种基本的型态：物理自净（如：沉淀）、化学自净（如：氧化还原），及生物自净（如：微生物的代谢）等。任何水体的自净作用通常是相互交织在一起的，即：物理自净、化学自净及生物自净经常是同时同地发生，相互影响，不过其中以生物自净最重要。

二、生物自净与微生物

　　水体中的生物自净（biological self-purification）主要是指污染物质中的有机物，由于水环境中的微生物之代谢活动，而被分解、氧化并转化为简单、无害、稳定的无机物，进而使其浓度降低的作用过程。

　　许多微生物都可以在有机污染水环境中自生，首先由“异营性微生物”分泌“胞外酶”将复杂有机物分解成小分子机物，经过其吸收代谢之后，再将小分子机物分解成简单无机物并排泄于环境中，然后再由“自营性微生物”从该环境中加以吸收利用，让这些无机物重返生命体系循环。

　　微生物作为自然生态系统的基本组成之一，履行着分解有机废弃物的天职，是生态系统中物质循环的重要一环。如果没有微生物的作用，物质循环过程便会中断，那么散落在水环境中的动、植物残骸和动物的排泄物，将不断被累积，最后堆积如山，让其中生物无法生存。

三、微生物制剂是什么

　　微生物是存在于自然界中的微小生物，它无法由人工制造，所以微生物制剂（Micro-Biological Additives）是一类从环境中分离出来的有益微生物（主要是细菌及真菌），经过人工纯化及富集培养之后，再利用专门的技术把它制成具有特殊用途的添加剂。

　　微生物制剂只是一种综合性的术语而已，依其用途不同，可以分成很多种，例如：在农业上，它可以指微生物农药、微生物杀虫剂，或微生物肥料等等。又如：在水产养殖上，它可以指应用在水质管理上所有的任何相关的添加剂。因此，要明确定义微生物制剂是什么，还必须要根据其应用而定。例如：在水产养殖上，微生物制剂可简单定义为：是由一些对人类和养殖作业无致病危害并能改良水质状况，能抑制水产病害的有益微生物制成的产品。

　　由于微生物种类繁多，具有特殊功能的菌株，在水产、农业、工业及商业上的应用日新月异，所以微生物制剂的产品种类也很多。不过，我们可依其性质简单分成三大类：天然菌种的制剂、基因改造菌种的制剂，和微生物酵素制剂等。由于它们具有简便、有效、对生态和环境安全等优点，使得越来越多的这类产品，不断进入我们各种生活领域中。