建立在青藏高原上或大或小的自然保护区，就像一串串美丽而恬静的珍珠，它们色彩斑斓，自然纯洁。它们共同捍卫着这片神圣土地的庄严与宁静，捍卫着她的蓝天、白云与飞鸟的欢鸣、森林的私语。
珠穆朗玛峰国家自然保护区: 珠穆朗玛峰保护区始建于1989年，1993年被国务院批准列为国家级保护区。该自然保护区位于我国西藏自治区与尼泊尔王国交接处。保护区总面积3381000公顷。珠峰保护区是世界上海拔最高的保护区，保护区特殊的地理环境不仅集中了西藏西部的主要原始森林及雪豹、喜玛拉雅廉、喜玛拉雅塔尔羊、长尾叶猴、喜玛拉雅红豆衫等国家重点保护的特有物种，而且世界海拔8000米以上的十四座高峰中的五座就位于保护区，保存着较为完整的极高山生态系统和环境本底条件，具有重要的保护和研究价值。
据调查保护区内共有高等植物2348种，哺乳动物53种，鸟类206种，两栖动物8种，鱼类10种，含有代表该地域特色的国家重点保护的珍稀濒危动植物47种，其中国家一级保护动植物10种，二级保护动植物28种。同时，保护区还具有丰富的水能、光能和风能资源，以及由独特的生物地理特征、奇特的自然景观和民族文化、历史遗迹构成的重要的旅游资源。珠峰保护区的科学价值无法估量，是研究高原生态地理、板块运动和高原隆重起及环境科学、社会人物科学等学科的宝贵的研究基地。
保护区内的自然历史遗迹和人文景观极为丰富，其中著名的有：聂拉木震旦、寒武系至新世纪相石灰岩地、希夏帮玛古冰川遗址、亚来古泉华中人类石器、聂汝雄拉三趾马化石遗址、强真格给寺、土蕃古墓群、聚落遗址、古岩画等。
羌塘国家自然保护区：“羌塘”为藏语，意为“北方旷野”，在地理上没有严格的界限，泛指藏北高原内流水系的连片地域，面积约为70万平方公里。这里地处“世界屋脊”的青藏高原腹地，平均海拔5000米，气候干寒，空气稀薄，自然环境严酷，植被稀少，交通不便，人迹罕至，北羌塘历来有“无人区”之称。这里的野生动物不仅数量多，而且绝大多数为该地区所特有。保护好这一特殊的自然区域和特有珍贵动物，具有世界性的意义。
西藏羌塘自治区级自然保护区，其大致范围为：东为青藏行政界至唐古拉山，南至扎加藏布主流－黑河公路－波仓藏布主流，西至鲁谷－温泉湖－拜惹布错，北为新藏行政界，行政隶属于那曲地区的双湖办事处、尼玛县、安多县、班戈县、申扎县和阿里地区的改则县等６县（处），面积为24.712万平方公里。保护区内现有种子植物70多种，哺乳动物３８种，爬行动物3种，鸟类70余种，鱼类10余种。
羌塘国家级自然保护区，是世界上第二大自然保护区，面积仅次于靠近北极的格陵兰国家公园，但其保护价值则大于后者。羌塘自然保护区被列为西藏生物多样性保护的最优先地区，该区域也被列为中国生物多样性保护行动计划优先保护生态系统重点区域名录。
雅鲁藏布大峡谷国家级自然保护区：始建于1984年，2000年经国务院批准，由“墨脱国家级自然保护区”扩建更名为“雅鲁藏布大峡谷国家级自然保护区”，主要保护对象为山地森林垂直景观及珍稀动植物。保护区地处西藏自治区东南隅，保护区面积 9168平方公里。大峡谷地区除了特殊的水汽通道位置，以及青藏高原局地环境与复杂的高山峡谷地表形态综合作用下形成的多样的气候，直接导致了该地区生物群落栖息地生态环境的多样性，其山地生态系统的垂直与水平分异非常明显。该地区共有维管素植物3，768种，苔藓植物512种，大型真菌686种，锈菌209种。哺乳类63种，鸟类232种，爬行类动物25种，两栖动物19种，昆虫2，000余种。无论从生态系统还是从物种多样性或遗传多样性标准来衡量和评价，大峡谷保护区无疑是我国生物多样性最为丰富的地区之一。
本区地处雅鲁藏布江大拐弯的峡谷之中，海拔750－4800米，区内河流深切，峡谷深邃，山高入云，瀑布众多，形成我国罕见的地貌反差。本区虽然地处北纬29度附近，但得天独厚的自然环境使它具有热带的生物类型，保存着丰富的物种资源。
复杂的自然环境孕育着极为丰富的生物资源，植被类型也十分复杂，仅高等植物就有3000多种，约占全国的1／10，其中国家重点保护动物21种。其中以墨脱命名的模式种就有40多种。在这里可见到从热带到寒温带的各种植物。经济植物资源更为丰富。
茂密的森林为野生动物提供了优越的生息繁衍环境。据统计，这里仅国家重点保护野生动物就有40多种，被誉为西藏的“天然动植物博物馆”。是研究不同气候带生态系统的重要基地。
昂仁塔格架地热间歇喷泉群自治区级自然保护区：属于地质遗迹类型，面积400公顷，主要保护对象为地热喷泉群。昂仁塔格架地热间歇泉群位于日喀则地区昂仁县境内，该地热喷泉种类齐全，成泉机制独特，形态十分壮观，具有较强的典型性、代表性、稀有性和脆弱性。
波密岗乡自然保护区：位于扎木县城以西22公里，总面积4600公顷。其中森林面积2800多公顷，森林覆盖率达61％以上。保护区内林木生长速度、持续生长期和单位蓄积量远远超过国内外同类林，尤以云杉为突出。区内山高树密，古木参天，珍稀野生动物活动频繁，各类名贵中药材蕴藏丰富。1984年被划为以保护丰产针叶林为主的森林生态系统自然保护区。保护区还蕴藏着极丰富的动物资源，如羚牛、豹、盘羊、黑熊、猕猴、雪鸡、麝、鹦鹉、费氏黄麂等。
类鸟齐长毛岭马鹿自然保护区：属于动物类型，面积6.4万公顷，主要保护对象为马鹿及其生态环境。保护区位于西藏东北部，澜沧江上游长毛岭河流域。野生马鹿是大型珍兽，属国家和自治区重点保护野生动物。早在上世纪70年代，在该区那登通的草原上，就建立了西藏第一处的马鹿自然驯化场地。在当前全国绝大部分地区野生马鹿已十分稀少、种源较缺的情况下，在西藏类鸟齐长毛岭地区仍集中分布有1000余头野生马鹿。1985年，这一地区被划为以保护野生马鹿及其赖以生息的自然环境为目的的自然保护。
林芝东久赤斑羚自然保护区：林芝东久赤斑羚自治区级自然保护区，动物类型，面积2.3万公顷，主要保护对象为赤斑羚等珍稀动物及生态系统。保护区在雅鲁藏布江大拐弯背后，位于川藏公路干线上，距拉萨500公里，距林芝地区行署驻地八一镇约97公里。
保护区以保护赤斑羚等野生动物和它们生存所需的特定环境为目的，内有国家重点保护植物12种，以赤斑羚为主的国家和自然区重点保扩动物50种。赤斑羚是日前较稀有的动物之一，1973年才在西藏发现，其分布区十分狭小，是猎人围追猎捕的主要动物之一。西藏境内赤斑羚总数不足1500只，因此该保护区已成为赤斑给这一濒危动物的物种保存基地。区
林周澎波黑颈鹤自治区级自然保护区：属于动物类型，面积9680公顷，主要保护对象为黑颈鹤及其栖息地。位于拉萨河支流澎波谷地，林周县南部，海拔3800米左右，总面积96．8平方公里。保护区内地貌类型主要是河谷草地、湿地、人工林地及农田。每年9月～10月黑颈鹤从藏北向南迁飞到澍波河谷地带越冬，第二年4月～5月份再迁回藏北繁殖。保护区内栖息有黑颈鹤约1520只，途经此地歇脚的黑颈鹤达3000余只。唇鹿也是该区的重点保护动物，其他还有国家一二级重点保护动物40余种。
芒康盐井滇******自治区级自然保护区：属于动物类型，面积18.5公顷，主要保护对象为滇******及原始森林生态系统，面积为1853平方公里，位于芒康山一带，南邻滇西北的云岭山脉，海拔3500－4500米，气候温凉，森林植被保存较好。我国目前22种濒危动物之一，国家一级保护动物滇******即栖居于此，是我国滇******主要分布区。保护区内地势虽很险峻，但滇藏公路贯穿于内，是目前西藏境内交通相对便利的一个保护区。
纳木错自治区级自然保护区：纳木错每年可供捕捞的鱼量达2183吨。纳木错蕴藏的大量浮游生物和鱼类，为乌类提供了丰富的饵料。湖心岛人迹罕至，又为各种鸟类提供了理想的栖息场所，是乌类的天堂。目前流域内分布有藏雪鸡、毛腿沙鸡、赤麻鸭、斑头雁、猎隼、棕头鸥、山斑鸠等鸟类数十种。另外，丰美的水草和流域内人们对各种野生动物的保护，又为野生动物繁衍生息创造了条件，是野生动物的理想栖息场所，分布的野生动物主要有野牦牛、岩羊、棕熊、雪豹、藏羚羊等。
日喀则群让球壳状、枕状熔岩自治区级自然保护区：地质遗迹类型，面积140公顷，主要保护对象为熔岩、地貌。日喀则群让枕熔岩具有典型的大洋中脊拉班玄武岩特征，直接提供了海底喷发的证据。同时，又是欧亚板块与印度板块碰撞的主要证物。该蛇绿岩剖面具有较强的典型性、代表性、稀有性和脆弱性，对研究青藏高原的地质历史和演变具有重要意义。
申扎黑颈鹤自治区级自然保护区：属于动物类型，面积400万公顷，主要保护对象为黑颈鹤及湿地生态系统。位于藏北那曲地区申扎县，正处于羌塘内流区南部大湖密集的宽广湖盆地带，众多湖泊均为发育于冈底斯山北麓断陷带内的构造湖；湖水矿化度低，适于水生生物与水禽生长和繁衍，尤其是低洼湖区内广泛分布着大蒿草等组成的沼泽草甸滩地，加上巴汝藏布、永珠藏布等内流河，使这里发育着良好的内陆湿地和水域生态系统，并成为国家一级保护动物黑颈鹤的理想栖息环境，是国内现有7个黑颈鹤保护区中海拔最高、面积最大者。
札达土林自治区级自然保护区：属于地质遗迹类型，面积56万公顷，主要保护对象为土林。
拉鲁湿地自然保护区：拉萨拉鲁湿地总面积6.2平方公里，平均海拔为3645 米，是世界海拔最高、面积最大的城市天然湿地，也是全国惟一的一处城市内陆天然湿地。湿地是国家一级保护动物黑颈鹤、胡兀鹫的重要栖息地。
吉隆江村自然保护区，樟木沟风景林保护区：以长叶云杉和西藏长叶松等珍稀树木为主要保护对象。
林芝县巴结巨柏林保护区：以巨柏林为主要保护对象。
聂拉木樟木自治区级自然保护区：以樟木林为主要保护对象。
