佛祖释迎牟尼在古印度的一棵菩提树下修成正果，成为佛教创始人。因此，菩提树是一种神圣的佛的象征，如果寺院中生长有菩提树，那么，这个寺院的地位和知名度将会大大提高。

　　相传，宗喀巴大师出生时，其母剪脐带时有殷红甘露滴到地上，渗人土中，数年后在此长出一株白菩提树，枝叶繁茂，馥郁香味四溢，十万片叶子，每片叶子上显示出一尊狮子吼佛像（即释迦牟尼身像的一种）。宗喀巴大师母亲香萨阿切，为纪念宗喀巴为佛教做出的重大贡献，按照宗喀巴来信旨意，用十万狮子吼佛像和菩提树为胎藏，修建莲聚塔，这便是塔尔寺的雏形。菩提树根部向外蔓延，在今大金瓦殿前生长出来，１９９２—１９９６年维修大金瓦殿时，人们亲眼目睹了从大金瓦殿向外延伸的菩提树根部。

　　据传，祈寿殿（又称长寿殿）于1717年建成，七世********率僧众举行盛大开光法会时，汇集了宗喀巴大师的佑灵，诸佛菩萨的慈慧，在开光烧祭的法坛处生长出一棵自然显现文字的菩提树。这棵树时至今日，不断繁衍生长，在其周围又生长出树根连在一起的11棵 菩提树。每当夏季，菩提树枝叶茂密，郁郁葱葱，浓荫遮日，开花时，芳香四溢，令人陶醉，故该殿又得名“花寺”。如果你是一位虔诚的佛教徒，会在每片叶子上看到一尊狮子，如果能得到一片飘落下来的树叶，则能祛病禳灾，树下有一块巨石，上面被信徒们涂满了酥油，贴满了硬币。据说宗喀巴之母，当年从清泉背水回来总要倚此石少憩，故称“憩石”