【病原】病原菌为祁连金锈菌(Chrysomyxa qilianensis Wang，Wu et Li)，其发育阶段[0]、[Ⅰ]在云杉针叶上，[Ⅱ]产生在青海杜鹃叶背面，其生活史为中缺夏孢子型。性孢子器瓶状，淡黄色，150～216μm×115～150μm，埋生于针叶表皮下，其孔口突出表皮。 
     
锈孢子器口径0．2～0．3mm，包被膜质，淡黄色，破裂后呈白色，包被细胞长椭圆形，矩形，49～54μm×27～34μm，内壁厚5μm，外壁1．7μm，内外壁均平滑。锈孢子器半埋于针叶组织内，器内串生多数锈孢子，锈孢子淡黄色，近圆形或近椭圆形，26～34μm×17～24μm，孢膜厚3．5μm左右，无色，表面有密而短的疣点。 
     
冬孢子堆头状，外围有一层拟蜡质保护物，桔红色。基部束梗淡黄色，长0．2～0．5mm。 
     
冬孢子单胞，无色，长椭圆形，17—26μm×10一14μm，多数为4～5个一串，串长100～135μm。 

【发生规律】病菌冬孢子6月中旬萌发，产生担子和担孢子，担孢子主要通过气流传播到云杉幼嫩针叶上侵染。在平均气温14～16℃条件下，潜育期8～11天，6月底至7月初发病，产生性孢子器。3～5天后产生锈孢子器，7月中、下旬锈孢子陆续成熟，由气流传到转主寄主青海杜鹃上侵染，受侵植株的当年生叶不表现症状，次年5月底出现病斑。只有少数病斑在6月初产生冬孢子堆，大多数在第三年6月初才产生大量冬孢子堆。此病害循环中缺少夏孢子阶段。病菌以菌丝体在青海杜鹃叶片里越(夏)冬，每年对云杉针叶的有效侵染时期约20天左右。病害与降雨情况有明显关系，凡是6月中旬连续数日有小阵雨，晴、阴交替，这样的天气既有利于冬孢子萌发，又有利于担孢子传播和侵染。同时由于阴雨降温，云杉新叶生长缓慢，延长感病期，病害较重。若遇连续数天大雨，不利于病菌孢子传播和侵染，病害则减轻。 
     
病害随海拔高度增加而逐渐加重。孤立木、疏林、林缘以及林冠上部病情较重，郁闭度大于0．7的林内，病情较轻。同一苗床，苗床两侧苗木病情比中间的重，苗木上层病情重于下层。一年生云杉苗无叶锈病，主要原因是幼苗出土后基本上已错过担孢子侵染盛期，同时在苗床上尚有覆盖物或搭起阴棚，起到阻挡担孢子侵染的保护作用。在同一立地条件下，三四年生苗，病情重于二年生苗，幼林病情一般重于成年林，纯林病情重于云杉与桦木、山柏等混交林。地势平缓，土层较厚，地位级较高的林分，病害较轻，反之，病情较重。综上所述，不同林分因子，不同发育阶段，不同树势，寄主抗病性有着显著差异。